حفظ حقوق اقلیت‌های مذهبی با برچیده شدن رژیم شاه مشکلات عدیده‌ای برای تشکیلات مذکور فراهم آمد که اساسی‌ترین آن از دست دادن مهمترین حامی آن بود. به تبع از دست دادن پشتوانه قوی دولت، این تشکیلات منظم نیز تغییر کرد. به دنبال پیروزی انقلاب اسلامی، این فرقه به یکباره تمام پشتوانه‌های سابق خود را در داخل کشور از دست داد آنچنان که بر طبق اسناد بدست آمده از لانه جاسوسی با شدیدترین بحران در طول خیات یکصد ساله‌اش رو به رو گردید: در گزارش سفارت آمریکا به وزارت خارجه کشور خود در ژوئن 1979م (1359ش) آمده است: «یکی از 9 نفر از مردان متفکر بهائیان گفت که جامعه بهائی احساس می‌کند از جهات اداری، اجتماعی و مالی در حال مرگ و با بدترین بحران در تاریخ 128 ساله‌اش مواجه شده است.» (مجله ایام – پیشین صفحه52) سیاستمداران شرق و غرب که با پیروزی انقلاب اسلامی دچار سردرگمی برای مهار حرکت عظیم مردم شده بودند، به هر وسیله ای برای شکست انقلاب اسلامی و یا مشوّه جلوه دادن چهره آن در افکار عمومی دنیا متمسک شدند. از جمله برنامه‌های متعددی که بعد از انجام، آشکار شد که تحریک نیروهای بیگانه انجام شده است، حمله به منازل مسکونی بهائیان بود. این عمل تنها برای مظلوم نمایی بهائیان و به راه اندازی اختلافات و درگیری‌های قومی مذهبی در آن مقطع انجام شد. در مورد همین موضوع امام خمینی (ره) در روزهای آخر رژیم طاغوت در یک سخنرانی در مورد حفظ حقوق اقلیتهای ساکن تحت حمایت حکومت اسلامی و عدم تعرض به اقلیت یهودی ساکن در کشور به موضوع تعرّض به بهائیان نیز اشاره کرد و می‌فرمایند: «اخیراً به بهائی ها تعرض کرده‌اند و دولت تعرض کرده. اینها یک شیطنت دارند. به این نظر شیطنت اینها اعتنا نکنند مسلمین. اینها می‌خواهند سایر طبقات را به مسلمین بشورانند. شما اعتنا نکنید. از هر راه که دیدید سازمان دولتی دخالت می‌کند در یک امری، شما مخالفت کنید برای اینکه نظر سوء دارند به شما.» (صحیفه نور جلد 4 صفحه 79) تشکیلات بهائیان بعد از انقلاب اسلامی اما اینکه چرا این تشکیلات بعد از انقلاب اسلامی در ایران کاملاً از بین نرفت و باقی ماند، شاید به علت اهمیتی باشد که «تشکیلات» در اعتقادات این فرقه برای خود یافته است. حضرت امام خمینی (ره) در سال 1321 ضمن انتقاد از سکوت جامعه مسلمانان نسبت به ظلم ها و مشکلات مسلمین، همین خصلت وحدت و اتحاد بهائیان را مورد اشاره قرار داده و خطاب به مؤمنین می فرمایند: «خوب است دینداری را دست کم از بهائیان یاد بگیرید که اگر یک نفر آنها در یک دیه (ده) زندگی کند، از مراکز حساس آنها با او رابطه دارند و اگر جزئی تعدی به او شود برای او قیام می‌کنند.» (صحیفه نور جلد 1 صفحه 4) با توجه به آنچه در کتاب انشعاب در بهائیت نوشته اسمائیل رائین آمده است، اصولاً تشکیلات در بهائیت بخصوص بعد از شوقی افندی از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است و علاوه بر رهبری و هدایت جامعه بهائی در ابعاد سیاسی، فرهنگی اقتصادی، امور مذهبی و حتی مسائل شخصی افراد، دخالت و نظارت می‌نماید. لجنه‌هایی موصوف از بدو تولد تا مرگ، فرد بهائی را تحت کنترل خود قرار می‌دهند. البته وابستگی جامعه فوق به تشکیلات، از نظر خودشان یک پدیده حزبی و گروهی تلقی نمی‌شود، بلکه منشعب از احکام شرعی بهائیت است. بهائیان باید بالاجبار تابع تشکیلات باشند. در غیر اینصورت بروز هرگونه تخلف فرد را با طرد اداری و مشکلات ناشی از آن مواجه خواهد ساخت. قبل از انقلاب تلقّی مردم ایران از بهائیان تلقی یک فرد ضالّه ضد اسلام و ضدّ ملیت بود این تلقی بعد از انقلاب نه تنها تغییر نکرد بلکه شدت یافت؛ زیرا سوابق وابستگی برخی از سران آنان به بیگانگان محرز و دشمنی آنان با دین و دولت ایران در افکار عمومی مسلمانان غیرقابل انکار بود. این برداشت بعد از انقلاب وقتی دولت به دست ملت سپرده شد به دولت تازه تأسیس نیز سرایت نمود و از طریق آن رسمیتی قاطع تر از گذشته یافت بطوریکه جمهوری اسلامی برای آنان هیچگونه رسمیتی قائل نشد. (زاهد زهدانی پیشین صفحه 274 - 280) قانون اساس و اقلیت‌های مذهبی در قانون اساسی جمهوری اساسی ایران اقلیت‌ها دینی شناخته شده عبارتند از: یهودی، مسیحی و زرتشتی؛ هر دین و مسلکی غیر از اینها طبق قانون اساسی هیچگونه رسمیتی ندارند. بنابراین بهائیت به عنوان یک فرقه مذهبی در ایران دارای هیچگونه رسمیتی نیست. با توجه به سوابق این مسلک به عنوان یک حزب سیاسی طرفدار بیگانگان و مقابله آن با اقتدار ملت و روحانیت و مخالفت علنی با دین رسمی ملت ایران، بهائیان از وجه بسیار پایینی در افکار عمومی و در دیدگاه دولت مردان برخوردارند. این عدم پذیرش حتی در دوران پهلوی هم که دولت به آنان میدان بسیار وسیعی برای فعالیت داده بود نیز با توجه به فشار افکار عمومی وجود نداشت، بطوریکه با ایستادگی مراجع و علما و ملت مسلمان در آن دوران هم به عنوان یک دین رسمی شناخته نشد و حتی بطور رسمی قانونی (نه عملی) اجازه استخدام در ادارات دولتی هم به آنان داده نشد. لذا با توجه به اینکه حکومت اسلامی اصولاً وظیفه خود را در قبال همه شهروندان و مسائل آنان یکسان می‌دید و نمی‌توانست آنان را از حق زندگی محروم نماید، بنابراین با توجه به قابل توجه بودن تعداد آنان و اینکه بهائیان را اصالتاً و از ریشه به عنوان فرقه ضالّه محسوب می‌نمود و سابقه جاسوسی برای اسرائیل را در برخی از آنان مشاهده کرده بود، آنان را از برخی امکانات اجتماعی و نه فردی محروم کرد. (همان منبع صفحه 280 و 281) مشاغل حساس و غیر حساس دولتی و بعضاً غیر دولتی، که رژیم پهلوی به فراوانی در اختیار آنان قرار داده بود از آنان پس گرفته شد، از کلیه مراکز نظامی، فرهنگی و هنری اخراج شدند، از ورود افراد وابسته به این فرقه به مراکز آموزش عالی جلوگیری شد و آنان که در این مراکز بودند اخراج شدند، چرا که تجربه گذشته نشان داده بود که وقتی آنان در محیطهای آموزشی و فرهنگی قرار می‌گیرند و یا پستی را اشغال می‌کنند به علت وابستگی به تشکیلات بهائی از آن در جهت تبلیغ بهائیت ، اطلاع رسانی و ایجاد تسهیلات برای دیگر بهائیان استفاده می‌کنند. از لحاظ اخلاقی هم اختلاف زیادی بین موازین اخلاقی آنان و مسلمانان وجود دارد و این خود می‌تواند یکی دیگر از عوامل طرد آنان از موسسات عمومی و دولتی باشد. ضمناً از اشتغال آنان در مشاغل آزاد مشخصی هم که با طهارت و نجاست ارتباط دارد و با شرع اسلام مغایرت دارد، جلوگیری شد. بنابر ادعای محافل بهائیت خارج از کشور در رسانه های بیگانه، شورای عالی انقلاب فرهنگی در راستای محدود کردن فعالیتهای فرهنگی بهائیان مصوباتی به تصویب رسانده که در این سند ادعا شده جمهوری اسلامی طرحی را برای محدود کردن بهائیت تدوین نموده است که از مواد آن عبارتند از: این که آنان بدون جهت از مملکت اخراج نمی‌شوند و بی‌دلیل دستگیر و زندانی و مجازات نمی‌شوند، اما برخورد نظام با آنان باید طوری باشد که راه ترقی و توسعه آنان مسدود شود. از لحاظ فرهنگی در این مصوبه آمده است که: چنانچه اظهار نکردند بهائی‌اند، در مدارس ثبت نام شوند و حتی‌المقدور در مدارسی که کادر قوی و مسلط بر مسائل عقیدتی دارند ثبت نام شوند. در اختیار گذاردن وسایل معاش در حدّ رابطه با جایگاه اجتماعی و حقوقی بهائیان موارد زیر در مورد آنها تصویب شد: در اختیار گذاردن وسایل معاش در حدّ متعارف که اختیار همه آحاد ملت قرار داده می‌شود، امکانات زندگی معمول و حقوقی عمومی مانند سایر شهروندان ایرانی از قبیل دفترچه بسیج، گذرنامه، جواز دفن، اجازه کار و امثال آنها تا جایی که تشویق به بهائیت نشوند. در صورت ابراز بهائی بودن اجازه استخدام ندارند، پستهای مؤثر (مانند معلمی و ...) به آنان داده نشود. (همان منبع صفحه 281 و 282)